如果夫妻房产登记为 1%和 99%，正常情况下离婚时会按照该登记份额进行分割。其原因如下：

1. 法律规定方面：

- 根据《民法典》第一千零六十五条规定，男女双方可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或者部分各自所有、部分共同所有。约定应当采用书面形式。夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的约定，对双方具有法律约束力。夫妻双方将房屋产权登记为按份共有，并明确了各自的份额，可视为双方对该房产的归属已达成书面约定，该约定合法有效，对双方具有约束力。

2. 产权登记的效力方面：不动产登记簿是物权归属和内容的根据，房产登记具有公示公信力。夫妻将房产登记为按份共有且明确了具体份额，这意味着双方就房产的共有比例这一法律事实及相应的法律关系已达成共识，并得到行政机关的确认。在没有充分的反证足以推翻上述行政确认的情况下，该登记的份额应被视为确定的产权份额。

然而，在一些特殊情况下，法院可能会根据具体情况对该份额进行调整。比如，如果存在欺诈、胁迫等导致约定无效的情形，或者结婚时间很短、按该份额分割会显失公平等，法院可能会综合考虑各种因素，对房产的分割比例进行重新认定，但这种情况相对较少。